三类医疗器械经营许可证的办理流程主要包括以下几个步骤：

提交申请：申请人向行政受理服务中心提出申请，按照《须知》第六条所列目录提交申请材料，受理中心工作人员按照《境内第三类、境外医疗器械注册申报资料受理标准》的要求对申请材料进行形式审查。 申请事项依法不需要取得行政许可的，应当即时告知申请人不受理；申请事项依法不属于本行政机关职权范围的，应当即时作出不予受理的决定，并告知申请人向有关行政机关申请；申请材料存在可以当场更正的错误的，应当允许申请人当场更正；申请材料不齐全或者不符合法定形式的，应当当场或者在五日内一次告知申请人需要补正的全部内容，逾期不告知的，自收到申请材料之日起即为受理；申请事项属于本行政机关职权范围，申请材料齐全、符合法定形式，或者申请人按照本行政机关的要求提交全部补正申请材料的，应当受理行政许可申请。

审查与核查：企业提交的材料被行政机关受理之后，将由相关审核人员对企业的生产条件与质量管理体系进行审查和现场核查。

批准和发证：如果企业的生产条件与质量管理体系符合规定要求，行政机关将颁发三类医疗器械经营许可证。

在办理三类医疗器械经营许可证的过程中，还需要满足以下医疗器械认证条件：

企业应具备相应的经营资质和许可，例如医疗器械经营许可证等。

企业应建立符合医疗器械质量管理体系要求的质量管理体系文件，并正常运行至少3个月以上。

企业应配备符合要求的质量管理人员和技术人员，并具备相应的专业知识和技能。

企业应具备符合要求的经营场所和仓储条件，确保医疗器械的储存和运输安全可靠。

企业应符合国家有关医疗器械法律法规、标准和技术规范的要求。

对于不同类别的三类医疗器械，还有具体的认证标准和要求。例如，对于植入式医疗器械等高风险产品，需要经过国家食品药品监督管理总局的注册审批，并取得注册证后方可经营。

以上信息仅供参考，如有疑问建议咨询相关专业人士或机构。